El problema de buscar "justicia" en las comparaciones es que tenés que tener en cuenta demasiadas variables. Y una vez que las identificás, ¿a cuáles les das importancia y cuáles descartás? ¿Con qué criterio?
Por eso prefiero simplemente comparar los juegos entre sí. En este caso puse esas dos compañías porque tuvieron presencia en Sega o Nintendo, no en ambas. Game Freak, por ejemplo, tuvo presencia en las dos consolas en esa generación.
En cuanto a "third parties" grossas se me ocurre HAL Laboratory para Nintendo, pero no sé de otras que no dependan de Sega y hayan desarrollado juegos únicamente para Genesis/Mega Drive. Mucho menos comparables a Hal Laboratory o Rare. Square no sacó juegos para Sega en esa generación, por poner otro ejemplo, pero llenó de joyas el catálogo de SNES/SF.